作為海峽論壇的重要配套活動，第五屆鄭成功文化節是首個在臺灣舉辦的海峽論壇項目，首次采取了兩岸聯辦、輪流主辦的形式。今年鄭成功文化節還首次實現了廈門與臺南兩地民間包機直航，來自兩岸的鄭氏宗親和民間信眾各168人，搭乘廈航專機分赴廈門、臺灣參加第五屆鄭成功文化節相關活動。

本屆鄭成功文化節由廈門市兩岸交流協會、廈門市中華文化聯誼會、廈門市旅游協會、臺南市文化協會、全臺奉祀鄭成功聯合會、廈門市思明區群眾文化協會、廈門市延平郡王祠管委會聯合主辦，定于2013年6月14日—20日在廈門和臺灣兩地同時舉行。活動的主會場設在臺南，同期在廈門舉行相關活動。具體包括臺灣鄭成功廟建成350周年大典、巡禮活動、廈門市思明區旅游推介會、鄭成功文化節民間祭祀活動及延平郡王祠管委會揭牌儀式、思明區非物質文化遺產展、情憶丹青——閩臺書畫文物展等六大項內容。