馬拉松賽期間，廈門部分路段實行了交通管制，涉及外圍15個路段，內圍8個路段，其中，會展路蓮前東路口至會展北路口段、會展北路展鴻路口至會展路口段最早封閉，從2016年1月1日晚上8點起，除持有2016建發廈門國際馬拉松賽《車輛通行證》的車輛外，禁止其他車輛通行。之后，當晚10點起，環島東路仙岳路口至鐘宅路口段、主會場區域、會展路、會展北路、會展二路、會展南路、會展中心內部道路、展鴻路、燈塔公園終點會場區域等路段也將陸續封閉。交警部門表示，限制區域內的公交車輛，也采取改道、跳站、縮線、停駛等措施繞行，為盡量降低對市民的出行影響，警方將根據比賽進展情況，適時恢復限行路段交通。

為保證通行，本次賽事還配有疏運保障的公交運力。據悉，直接參與本次賽事的公交運力主要有3種：常規公交提前首班服務時間、開通15條免費臨時公交專線、準備65輛應急車輛。

為確保賽事順利舉行，2016年1月2日0時至24時，廈門島內空域還將有管制措施。