為了推進資源化，草案修改二稿規定，市商務行政管理部門負責組織建立回收體系，依托市場機制，力求在廈門盡快建立與垃圾分類投放要求相匹配、與垃圾分類收運體系相協調的低價值可回收物資源化回收利用機制，通過政府引導、市場運作，提高生活垃圾資源化利用率。如鼓勵建立再生資源回收利用信息化系統，提供回收種類、交易價格、回收方式等信息。

落實無害化要求，草案修改二稿專門針對有害垃圾的處理增加了多個條款，對分類投放、收集、運輸、處理各環節實行全流程管控，提升生活垃圾無害化處理水平。如分類收集后的有害垃圾應當按照危險廢物貯存污染控制標準的要求貯存，有害垃圾處理企業應當定期收集運輸。

生活垃圾分類投放管理責任人制度是《辦法（草案）》在一審、二審過程中討論最多的問題。草案修改二稿規定，實行物業管理的區域，物業服務企業是管理責任人；業主自行管理物業的住宅區，業主或者業主委員會為管理責任人；按照這兩種途徑還不能確定管理責任人的，由街道辦（鎮政府）確定。

草案修改二稿還規定，物業服務企業可以與業主協商確定管理責任人職責的劃分和增加的費用負擔等事宜，各級政府可以采用以獎代補等方式，對管理責任人予以支持。