2002年，廈門被評為“國際花園城市”，城市規劃也由原先的海島城市向海灣城市轉變，無論是政府還是民間，關于恢復海島原貌的呼聲日益高漲。從客觀條件來看，后來杏林大橋和集美大橋的建成，為海堤的開口改造提供了可能性。2006年，環東海域綜合整治建設工程啟動，標志著廈門海洋生態環境修復進程邁入更大規模階段。

2008年，廈門海域清淤整治工程領導小組辦公室在集美揭牌，這標志著廈門海洋歷史上規模最大的一次海洋生態修復工程正式拉開序幕。2012年9月，在原基礎上又成立廈門海域清淤指揮部，由分管副市長擔任總指揮，加快推進工程速度。

市海洋與漁業局接力市交通運輸局作為清淤辦承辦單位，連同市發改委、交通運輸部門、市財政局等部門多管齊下，海監、海事、海警、邊防、政法公安等涉海執法部門則成為主要的執法保障力量。清淤辦建章立制，要求所有工作按規章制度辦事，大到施工規劃、財務保障，小到每一個施工現場的安全細節，都以白紙黑字的形式寫進相關文件，下發到各區、各部門和施工現場。還建立通暢的每周一工作例會匯報流程制度，無論是上情下達，還是下情上報都有了明確而清晰的渠道。

在很短的時間內，各項目業主和代建單位迅速落實到位。9平方公里的杏林大橋周邊清淤及兩海堤開口改造項目由路橋集團負責，大嶝機場造地一期工程也由其代建；4.8平方公里的海峽論壇納泥工程分別交由市政建設總公司和百城建設負責項目代建；5.5平方公里的歐厝納泥區則由象嶼集團進駐……雷厲風行的領導核心，強有力的制度抓手，經驗豐富的建設單位，共同推進廈門大規模海域清淤整治的全面開啟。