2003年3月21日，東南(福建)汽車工業有限公司生產的首臺轎車——菱帥轎車下線。這是福建生產的第一輛轎車。

2005年12月15日至19日，首屆兩岸(福建)優良家庭用品禮品博覽會在臺中舉辦，福建成為大陸首個在臺單獨辦展的省份。

2008年11月17日，由臺灣富邦金控參股的廈門商業銀行成為大陸第一家臺資參股銀行。

2009年4月2日，《福建省人民政府關于支持臺資企業發展的若干意見》出臺。同年4月8日，大陸首個臺資企業轉型升級培訓基地在泉州掛牌成立。

2009年7月，福建省委、省政府作出設立平潭綜合實驗區的決定，將努力把平潭建設成探索兩岸合作新模式的示范區。

2009年8月11日，臺灣新大陸股份有限公司在臺北掛牌成立。福建新大陸成為大陸首家赴臺投資的企業。

2010年11月29日，福建省人大常委會會議通過新修訂的《福建省實施〈中華人民共和國臺灣同胞投資保護法〉辦法》。

2011年1月1日，《海峽兩岸經濟合作框架協議》(ECFA)正式實施，大陸首份ECFA原產地證書在福建誕生。

2012年1月15日，福建省政府出臺《關于進一步促進臺資企業發展的若干意見》，支持臺資企業轉型升級，加快發展。

2013年2月27日，臺商黃益建向國家博物館捐贈由原對外經濟貿易部頒發的“閩臺行”企業(有限公司)設立批準證書(外經貿資審字〔1986〕001號)。

2013年12月15日，大陸首張對臺投資保險保單正式生效，該保單由中國出口信用保險公司福建分公司向福建新大陸電腦股份有限公司簽發。

2014年12月3日，臺灣聯電集團12吋晶圓項目正式落戶廈門火炬(翔安)產業區。該項目總投資62億美元。

2014年，中國銀監會先后批準臺灣的合作金庫商業銀行、彰化商業銀行、華南銀行、第一商業銀行在福建設立一級分行。

2015年4月21日，中國(福建)自由貿易試驗區正式掛牌。成為深化兩岸經濟合作示范區是福建自貿試驗區戰略定位的重要方面。

2015年7月14日、29日，中國人民銀行先后批準泉州、廈門開展對臺跨境人民幣貸款業務試點。

2015年12月29日，海峽兩岸仲裁中心在平潭成立，為兩岸企業提供更為便利的仲裁服務。

2016年1月，國家工商總局、福建省人民政府聯合發布公告，臺灣居民在福建自由貿易試驗區注冊登記個體工商戶的營業范圍放寬至129項。

2016年4月24日，來自臺灣的貨物首次搭乘“廈蓉歐”班列前往歐洲。

2016年11月7日，由福建煉油化工有限公司和臺灣旭騰投資有限公司合資成立的福建古雷石化有限公司揭牌儀式在廈門舉行。這是兩岸石化業合作發展史上的一個里程碑。