元代以后，從內坑、石林兜至后埔，陸續修建了埭岸，使得北宮海岸線不斷向東、向南延伸，北宮也漸漸失去了水路交通優勢，后來，又隨著洪厝的敗落、鐘林二厝的衰落，北宮影響度漸不如前，但其規制和地位卻并未因此衰減。清初遷界時，北宮遭到清軍破壞，化為廢墟，康熙十三年（1674年），回遷的鐘山人合作共同重建了大庵后殿。鄭成功收復臺灣之際曾拆其后殿，拿木料造船。康熙三十七年（1698年），旅居荷屬印度的某甲必丹重建前殿并增設緣田若干，至此，北宮恢復往日二落格局。

乾隆二十九年（1764年），鐘山各姓再次合資重修北宮，但此后北宮便不再修葺，一直到民國十八年（1929年），兩殿屋頂均已殘敗，漏風滲水、蟲蛀蚊擾，難以維繼。這種變化，除了建筑本身自然衰老外，也因為臨近的鐘、林二厝和鐵灶后各社敗社而至日常維護不到位，而蔡氏遠居南部，照料又不及。故而，民國十八年后，蔡氏便將神靈請入社內，而水陸北宮則聽任腐敗，到改革開放時，北宮便已與泥土融為一體了。

2010年，在鐘山村熱心人的積極推動下，水陸北宮得以就近重建，主體為單殿重檐歇山式，主祀許遜，宮前加建福德祠一座。隨后，村民蔡永忠將重新發現的兩方康熙、乾隆水陸北宮重修碑記贈予廟方，從而使得水陸北宮舊貌換新顏，皆大歡喜。（文／彭建文 圖／圭海四記）

康熙年間、乾隆年間水陸北宮重建碑。圭海四記 供圖

水陸之建由來舊矣，廟貌如故，香煙稠□。因海濱／紛亂，□遭遷移，宮室鞠為茂草而水陸坵墟矣。迨／康熙甲寅年，遷者復故瞻□□□□百年本社鳩／眾重興后殿，前殿力未及□戊寅年，／甲必丹□樂輸舍銀三百兩完竣前殿。余置緣田／奉祀。光耀廟宇，永垂無□，爰為立石以志。

康熙戊寅年仲冬谷旦合社仝立

水陸北宮既毀復興，不予其擅毀者也。既／興矣，宜潔凈，不凈則慢，不許有或慢者也。／去慢存敬，就敬見孝。何也，水陸吾／祖之所建者也。

鐘山弟子公立

乾隆二十九年歲次甲申仲冬葭月吉旦