1997年，省政府批準建立廈門中華白海豚省級自然保護區，2000年，廈門又將白海豚、文昌魚、白鷺三個保護區整合在一起，經國務院批準升級為國家級自然保護區——廈門珍稀海洋物種自然保護區。

更難得的是，廈門出臺了全國第一個中華白海豚種群及棲息地保護的地方性法規規章《廈門中華白海豚保護規定》（1997年）等一系列保護白海豚的法規和文件，在白海豚主要活動區域劃定禁漁區，提出限制船速、控制水下噪聲、打擊非法捕撈等規定，切實保護海域生態環境和珍稀海洋物種。

近年來，保護區還引進一系列智能、高效的技術手段來監測和分析海豚的個體基本特征、年齡段以及活動范圍等信息。廈門中華白海豚文昌魚自然保護區事務中心主任蔡立波告訴記者，2021年，廈門自然保護區智慧監測監控系統正式開始運行，陸續在白海豚的活動區域設立73個高清攝像頭，監測視頻可實時傳輸至云端，工作人員在遠程就能實時掌握白海豚的動態。將來，利用AI算法，還可以根據拍攝到的白海豚的行動軌跡自動分析白海豚的生活習性。

經過多年的努力，這個全世界唯一能夠在城區海域直接觀賞到中華白海豚的城市，從一度讓白海豚失去生存的安全感，到漸漸為其重筑起溫馨自在的家園；從種群數量的急劇下降，到如今時常能被市民一睹芳姿生存，白海豚成了廈門海洋生態保護修復成效的代言人。

“目前，廈門中華白海豚的種群數量已從上世紀90年代的60多只穩定提升并保持在近100只，而且青年白海豚占了總數的一半以上，這說明種群結構越來越合理。”廈門市自然保護區事務中心監測與宣教科科長許靜欣慰地說，現在每年都能觀測到新出生的小海豚，老海豚帶著小海豚出來的遛娃場面也經常能看見。