勉力維持（1937年至1949年）

1937年七七事變后，金門失陷，廈集成為最前線，集美學校面臨重大轉折。師范、中學、商業、農林、水產航海各校，不久即被迫相繼遷往安溪辦學，小學則移至同安農村。之后，各中等學校有的改校為科，有的幾度分合，有的輾轉安溪、大田及南安等地，在艱苦的條件下堅持辦學。直到抗戰勝利后，才陸續遷回集美，結束了這段校史上最為艱難困苦的播遷時期。而師范學校因被福建省教育廳以“私立學校一律不許開辦師范教育”為由停止招生，則在1940年最后一屆學生畢業后被迫停辦。八年中，各校原有的校舍，多數毀于日軍炮火，數十座屋宇無一完好。在陳嘉庚和廣大集美校友的努力下，后來雖然陸續修葺，但到1949年底，又遭國民黨軍隊飛機狂轟濫炸，再度留下滿目瘡痍。在抗戰初年和國民黨發動三年內戰期間，集美學校的辦學規模都曾一度大幅縮減，各校基本處于“維持”時期。至1948年秋，學村僅剩6所學校，即：集美高級水產航海職業學校、集美高級商業職業學校、集美高級中學、集美初級中學、集美小學和集美幼稚園。

恢復發展（1950年至1965年）

新中國成立后，陳嘉庚先生于1950年應邀回國參政，并從此定居集美。在他的親自主持、監督下，集美學校積極修復被戰火毀壞的校舍，同時又進行了大規模的擴建。1951年至1954年四年間，校舍建筑面積就相當于1913年至1949年36年的總和。短短幾年中學校迅速得以恢復并有很大發展，新辦了水產商船專科學校、航海專科學校和華僑學生補習學校。1955年秋，集美各校學生總數達到5217人，為解放前學生數最多的1931年的兩倍。1956年后，集美學校由人民政府全面負責，各校的辦校規模進一步擴大，學生人數日益增多，至1960年達11,638人。其中尤以僑生增多最為快速，從建校至1966年的12年中，共接待1.8萬名歸國僑生入學，成為名符其實的“僑生搖籃”。1961年陳嘉庚先生逝世后，中央和各級政府更加關懷集美學校，各校規模也有了更大的發展。

動亂復辦

（1966年至1978年）“文革”中，集美幼兒園、集美小學、集美中學、集美僑校、集美航海學校、集美水產學校、集美水產專科學校、福建財經學校等學村八所學校，除中小學外，均于1969年底后陸續停辦或解散。集美校委會（1956年由原校董會改組而成）基本癱瘓，科學館、圖書館、體育館、福南大禮堂、醫院、印刷廠等，先后被劃歸外單位使用。中小學也處于一派混亂局面中。“文革”中、后期，上海水產學院遷至集美，改稱“廈門水產學院”（后分為上海、廈門兩院）；航海、財經、輕工、水產等校陸續復辦，并新辦了體育學校。“四人幫”垮臺后，全國開始了撥亂反正的工作。1978年，僑校復辦，航海學校改辦為航海專科學校，體育學校改辦為體育學院。這時的學村各校雖已基本恢復正常，但十年浩劫對集美學校造成的嚴重破壞，卻是無可挽回的。